Det finnes flere forskjellige flekker som kan brukes til å visualisere og fotografere DNA etter at materialet er blitt separert ved gelelektroforese. Blant de mange valgene, er disse fem stammene den vanligste begynnelsen med etidiumbromid, som er den mest brukte. Når du arbeider med denne prosessen, er det viktig å ikke bare vite forskjellene mellom stammene, men de iboende helserisikoen.
01 etidiumbromid
Etidiumbromid er sannsynligvis det mest kjente fargestoffet som brukes til å visualisere DNA. Dette fargestoffet kan brukes i gelblandingen, i elektroforesebufferen eller til å flekke gelen etter at den er kjørt. Molekylene i fargestoffet holder seg til DNA-strengene og fluoresceres under UV-lys, noe som viser deg nøyaktig hvor båndene er inne i gelen. Til tross for sin fordel er ulempen at etidiumbromid er et potensielt kreftfremkallende, så det må håndteres med stor forsiktighet. På grunn av de potensielle helserisikoen ved å arbeide med denne gel, har alternativer blitt funnet. 02 SYBR Gull
SYBR Gullfargestoff kan brukes til å fargelegge dobbelt- eller enkeltstrenget DNA, eller å plette RNA. SYBR Gold var et av de første alternativene til etidiumbromid for å treffe markedet, og det ble ansett som mer følsomt enn etidiumbromid. Fargestoffet utviser 1000 ganger større UV-fluorescens når den er bundet til nukleinsyrer. Deretter trengs det tykke og høye prosentandel agarosegeler og kan brukes i formaldehydgeler. Fordi fluorescens av det ubundne molekylet er så lavt, er ikke destaining nødvendig. Lisensinnehaver Molecular Probes har også (siden lanseringen av SYBR Gold) utviklet og markedsført SYBR Safe og SYBR Green som er sikrere alternativer til etidiumbromid.
03 SYBR Green
SYBR Green I og II flekker (igjen markedsført av Molecular Probes) er optimalisert for forskjellige formål. Fordi de binder seg til DNA, betraktes de fortsatt som potensielle mutagene, og derfor bør de håndteres med forsiktighet. SYBR Green I er mer følsom for bruk med dobbeltstrenget DNA, mens SYBR Green II på den annen side er best egnet til bruk med enkeltstrenget DNA eller RNA. Som den populære Ethidium Bromide-flekken fluorescerer disse svært følsomme flekkene under UV-lys. 04 SYBR Safe
SYBR Safe ble designet for å være et sikrere alternativ til etidiumbromid og andre SYBR-flekker. Det betraktes ikke som farlig avfall og kan vanligvis kastes i vanlige kloaksystemer (dvs. ned i avløpet), fordi toksisitetstest indikerer at det ikke er akutt toksisitet. Testing indikerer også at det er liten eller ingen genotoksisitet på syriske hamsterembryo (SHE) -celler, humane lymfocytter, muselymfomceller og i AMES-testen. Flekken kan brukes med en blålys-transilluminator som forårsaker mindre skade på DNA som blir visualisert og gir bedre effektivitet for senere kloning. 05 Eva Green
Eva Green er et grønt fluorescerende fargestoff som har vist seg å hemme PCR i mindre grad enn andre farger. Dette gjør det svært nyttig for programmer som kvantitativ sanntids-PCR. Det er også et godt valg hvis du bruker lavsmeltepunktsgeler for gjenvinning av DNA. Den er svært stabil ved høye temperaturer og har svært lav fluorescens alene, men er svært fluorescerende når den er bundet til DNA. Eva Green har også blitt vist å ha svært lav eller ingen cytotoksisitet eller mutagenisitet.